故事伊始，草帽海贼团于风平浪静的海面上巡航。意外突发，空中出现一座神秘的漂浮岛屿，娜美的预警天赋发挥作用，为伙伴们规避了即将到来的巨大风暴。而娜美的能力，也引来了这座岛屿上海贼的注意，其首领乃是名震一方的金狮子史基。此人曾在“海贼王”罗杰称霸大海之前，与之展开激烈角逐。罗杰伏法后，史基亦被囚禁，但其设法越狱，削足为证，誓要向东海复仇。史基觊觎娜美的航海天赋，试图将其收为己用，因此双方不可避免地陷入了对峙。在几番周旋后，娜美最终身陷险境。为解救同伴，并阻止史基威胁东海的阴谋，草帽海贼团与这位极具威胁的对手展开了史诗般的对决。作为《海贼王》剧场版系列的第十部作品，本片忠实地还原了尾田荣一郎原著的世界观，并由作者本人亲自担任制作总指挥，力求呈现一部集视觉、剧情于一体的动画巨制