1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏宗族旗下五大喽罗中除韩琛（曾志伟）外，均乘机变节发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒控制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）进入倪家进行长时间的卧底工作，而韩琛为了巩固实力，早在差人内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，工作欣欣向荣的倪永孝为安枕无忧，决意将五大喽罗一举消灭，却因忽略让韩琛变成漏网之鱼。1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的搭档报仇，黄志诚找到他商议协作除去倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自个的为难身份烦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。